第十二季新角色卢克一开场便加入团队，之后史蒂芬也加入了团队，艾米莉也回归了，摩根最后一集客串了一下，不过霍奇却为了保护儿子而离开团队（其实是扮演者在片场把编剧打了，于是被迫下线），主角团也开始搜捕上一季越狱逃走的十二个犯人，以及其他不少的案件，其中必然有不少案件知识还有心理学知识，有些人是天生的恶魔，有些人则是被心理阴影所困，而上一季逃走的犯人“刮擦先生”一直在虐待主角团，凯特和林赛两个曾经的反派也加入进来，小天使的瑞德还被害入狱了，各种被虐，监狱真是可怕啊，犯人各种糟糕也就算了，狱警也是各种坏，本来的好人也可能变成坏人，故事也在监狱和外面案件之中来回跳跃。剧情中还有不少社会问题的展示，比如家暴、校园暴力、宗教狂热者、家教问题、极端环保主义、仇视女性者、梦游问题等。